Le prima tracce della presenza umana in Oggiona con Santo Stefano risalgono all'età del bronzo, testimoniate dalla lama di un pugnale ritrovato nel fondo Risetti e conservata presso il museo di Gallarate.
Di epoca romana e tardo-romano sono invece una moneta bronzea ed una tomba "alla cappuccina" quest'ultima conservata presso il Municipio.
Per Oggiona con Santo Stefano passava un percorso di crinale lungo la sponda sinistra dell'Arno ed i resti di una torre alto medioevale di controllo stradale, inglobati nella struttura posteriore della chiesa di Santa Maria Annunciata al Castello, testimoniano l'importanza di Oggiona prima dell'anno Mille.
In questa chiesa sono conservati importanti affreschi e decorazioni databili dal IX al XVI secolo: da segnalare il ciclo della vita di Maria. la Madonna in trono. una statua lignea trecentesca e la tela cinquecentesca di Andrea Lilli "Andata al Calvario". Non mancano opere moderne del pittore concittadino Sergio Michilini. In una villa ottocentesca circondata da un parco con una bella vista sul Monte Rosa, sono ospiti dal 1988 un Centro Socio Educativo e dal 1995 una Comunità Alloggio.
Presso il Municipio si trova un centro sportivo comunale con campo di calcio, pista atletica e campi da tennis.